1. 사실관계

○’12.11.15. 특수관계인 1인인 안AA이 정AA외 2인에게 ZZ산업㈜ 주식 23,785주(지분율 7%)를 양도계약을 체결하고 양도

○’13.01.11. 안BB 등 3인은 ZZ산업㈜의 공동대표로서 보유주식 242,875주를 @111,780원에 ZZ산업㈜에 양도하기로 계약을 체결하고 ’13.01.31. 잔금을 지급하기로 함

○ ZZ산업㈜(양수법인)

 - 자본금 340백만원, 발행주식총수 340,000주(액면가액 @1,000원)

 - 업종 : 부동산업(부동산임대업), 종목 : 점포(자기땅)

 - 최초 양도당시 자산평가 및 보유비율

  * 11.12.31. 시점의 대차대조표상 가액으로서 이후 변동내역은 없음

  - 매매대금 27,148,568,000원(242,875주 × @111,780원)

  - 양도자와 양수자와의 관계: 특수관계자(주주와 발행법인)

2. 신청내용

○ 부동산과다보유법인의 주주1인 및 기타주주가 그 법인 주식을 50% 이상 주식발행법인에게 양도하는 경우 적용되는 세율

3. 관련법령

○소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

  (1호~2호 생략)

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 주식등 이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 주권상장법인 이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율・시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 대주주 라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 증권시장 이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

  나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등

 4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 기타 자산 이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 사업용 고정자산(제1호 및 제2호의 자산을 말한다)과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가・허가・면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)

  나. 이용권・회원권, 그 밖에 그 명칭과 관계없이 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자보다 유리한 조건으로 이용할 수 있도록 약정한 단체의 구성원이 된 자에게 부여되는 시설물 이용권(법인의 주식등을 소유하는 것만으로 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자보다 유리한 조건으로 시설물 이용권을 부여받게 되는 경우 그 주식등을 포함한다)

  다. 주식등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성, 부동산의 보유 현황 또는 사업의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 자산

② 제1항제3호 및 제4호에 모두 해당되는 경우에는 제4호를 적용한다.

○ 소득세법 시행령 제158조 【기타 자산의 범위】

①법 제94조제1항제4호 다목에서 대통령령으로 정하는 자산 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

 1. 다음 가목 및 나목에 해당하는 법인의 주주 1인 및 기타 주주가 그 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50이상을 주주 1인 및 기타 주주외의 자에게 양도하는 경우의 당해 주식등

  가. 당해 법인의 자산총액중 법 제94조제1항제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50이상인 법인

  나. 당해 법인의 주식등의 합계액중 주주 1인과 기타 주주가 소유하고있는 주식등의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50이상인 법인

  2. 삭제 <1995.12.30>

  3. 삭제 <2003.12.30>

  4. 삭제 <2003.12.30>

 5. 다음 가목 및 나목에 해당하는 법인의 주식등을 양도하는 경우의 당해 주식등

  가. 당해 법인의 자산총액중 법 제94조제1항제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80이상인 법인

  나. 「체육시설의 설치・이용에 관한 법률」에 의한 골프장업・스키장업등 체육시설업 및 「관광진흥법」에 의한 관광사업중 휴양시설관련업과 부동산업・부동산개발업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 영위하는 법인

② 제1항제1호의 경우 주주 1인과 기타 주주가 주식등을 수회에 걸쳐 양도하는 때에는 그들중 1인이 주식등을 양도하는 날부터 소급하여 3년내에 그들이 양도한 주식등을 합산한다. 이 경우 동항 본문 및 각호에 해당하는 여부의 판정은 그들중 1인이 주식등을 양도하는 날부터 소급하여 그 합산하는 기간의 초일 현재의 당해 법인의 주식 등의 합계액 또는 자산총액을 기준으로 한다.

③ 제1항제1호가목 및 같은 항 제5호가목에 따른 자산총액 및 자산가액은 해당 법인의 장부가액(「소득세법」 제94조제1항제1호에 따른 자산으로서해당 자산의 기준시가가 장부가액보다 큰 경우에는 기준시가)에 의한다. 이 경우 다음 각호의 금액은 자산총액에 포함하지 아니한다.

 1. 「법인세법 시행령」 제24조제1항제2호 바목 내지 사목의 규정에 의한 무형고정자산의 금액

 2. 양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간중에 차입금 또는 증자등에 의하여 증가한 현금・금융재산(「상속세 및 증여세법」 제22조의 규정에 의한 금융재산을 말한다) 및 대여금의 합계액

○ 소득세법 시행규척 제76조 【부동산과다보유법인의 범위등】

①영 제158조제1항제5호 가목에 해당하는지의 여부는 양도일 현재의 당해법인의 자산총액을 기준으로 이를 판정한다. 다만, 양도일 현재의 자산총액을 알 수 없는 경우에는 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 자산총액을 기준으로 한다.

②영 제158조제1항제5호 나목에서 기획재정부령이 정하는 사업 이라 함은다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설을 건설 또는 취득하여 직접 경영하거나 분양 또는 임대하는 사업을 말한다.

 1. 골프장

 2. 스키장

 3. 휴양콘도미니엄

 4. 전문휴양시설

○소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 양도소득 산출세액 이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. <개정 2010.12.27>

1. 제94조제1항제1호・제2호 및 제4호에 따른 자산

제55조제1항에 따른 세율

 (2호~10호 생략)

9. 제94조제1항제4호다목에 따른 자산 중 제104조의3에 따른 비사업용 토지의 보유 현황을 고려하여 대통령령으로 정하는 자산

    양도소득 과세표준의 100분의 60

10. 미등기양도자산

    양도소득 과세표준의 100분의 70

11. 제94조제1항제3호에 따른 자산

 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 중소기업 이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등

     양도소득 과세표준의 100분의 30

 나. 중소기업의 주식등

     양도소득 과세표준의 100분의 10

 다. 그 밖의 주식등

     양도소득 과세표준의 100분의 20

○ 소득세법 제55조 【세율】

① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 종합소득산출세액 이라 한다)을 그 세액으로 한다.

○ 국세기본법 시행령 제1조의2 【특수관계인의 범위】

①법 제2조제20호가목에서 혈족・인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 친족관계 라 한다)를 말한다.

 1. 6촌 이내의 혈족

 2. 4촌 이내의 인척

 3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 자를 포함한다)

 4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자 입양된 자 및 그 배우자・직계비속

②법 제2조제20호나목에서 임원・사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적